微生物往往被视为"无处不在,无所不为"的生物,制作重组基因的载体和表达重组基因的受体也需要微生物。20世纪90年代后期开始了微生物基因组的研究。这项研究是从对微生物完整的全基因核苷酸测序入手,在分析基因结构的基础上,认识微生物的完整生物学功能。微生物基因组研究具有目标明确、相对投入少、收效快、成果易于转化为产品等许多优点。目前大多数微生物基因组已被国外学者报道,或正在测序,但还有一些我国特有的微生物资源,如投入力量进行基因组研究,有可能很快获得高起点的基地。微生物是一群形体微小、肉眼看不见的生物,必须经放大上千倍甚至数万倍才能观察到。在微生物诸多特性中,最令人惊叹的是它们具有极其多样化的生理功