舟山港综合保税区总规划面积为5.85平方公里，分本岛分区和衢山分区。其中本岛分区主要功能定位为以海洋装备制造业、海洋生物产业、电子信息产业等先进制造业及仓储物流、进出口贸易为主;衢山分区则重点发展煤炭、矿石、油品等大宗商品的仓储、配送业务，将成为我国重要的大宗商品仓储、中转基地。舟山位于我国南北海运大通道和长江黄金水道交汇地带，是江海联运的重要枢纽。2011年舟山港域货物吞吐量达2.6亿吨，位居中国十大港口之列。新设立的舟山港综合保税区将成为浙江海洋经济发展示范区的重要载体和舟山群岛新区的核心功能区。