金门县人民政府是中华人民共和国曾经设置的行政机关，曾是福建省金门县的地方国家行政机关，管辖区域只有中国大陆实际控制的金门县大嶝岛、小嶝岛和角屿。1949年10月，中国人民解放军占领金门县大嶝乡，改为大嶝区，金门县其它主体区域仍由台湾当局金门县政府管辖。金门县人民政府成立后管辖范围仅包括大嶝区，因金门县人民政府与南安县人民政府合署办公，故实际由南安县代管，1958年改为大嶝乡，1971年正式划归同安县。金门县人民政府寄驻在南安县人民政府与其合署办公。首任金门县人民政府县长梁新民于1956调任晋江专区侨务局长后，其金门县长的职务一直未被免去。1949年9月9日，金门县划归福建省第五行政督察专员公署