设施水产废弃物处理（aquaculture waste treatment），农学-农业工程-﹝农业生物环境与能源工程﹞，对设施水产养殖场所产生的固体、液体废弃物的清化处置。设施水产养殖中废弃物的性质取决于养殖系统类型、管理方法、饲料质量以及养殖对象。固体废弃物主要来源于饲料，由残饵和粪便组成。其颗粒物中通常含有7%～32%的总氮（TN）和30%～84%的总磷（TP）,其余的TN和TP则溶解在水中。大部分颗粒物直径小于30微米,处理这些细微颗粒物对处理设备提出了更高的要求。液体废弃物由养殖对象产生的排泄物、饲料残渣、冲洗水以及少量生产过程中产生的生活废水等组成。由于养殖废水及固体废弃物中含有大量的氮、磷、悬浮物、致病菌、重金属元素和兽药残留等成分，气味大，排放分散，如不进行适当处理，一旦进入天然水体、农田就会导致严重的环境污染。危害主要表现为：造成地表水或地下水水质严重恶化、水体富营养化，间接破坏土壤、动植物等生态平衡；产生的有害气体会对大气环境造成威胁；传播致病微生物；残余兽药排放加剧周围环境药物污染；加剧环境矿物元素和重金属污染等。