微生物-宿主共进化(microbe-host coevolution),理学-生态学-微生物生态学-微生物生态进化-微生物-宿主共进化,微生物与其宿主之间因相互作用导致彼此为适应对方而产生的遗传变化。又称微生物-宿主协同进化。微生物与宿主之间的相互关系包括互惠互利(mutualism)和相互拮抗(antagonist)。它们之间的共进化,既存在于宿主(主要指植物或动物)与共生微生物之间,也存在于宿主与致病微生物之间。以动物及其肠道微生物之间的共进化为例,一方面,动物宿主为肠道微生物提供生存和进化的场所,宿主种类、生活环境以及行为习惯等直接影响其肠道微生境,迫使共生的微生物通过改变群落结构、功能基因组成、代谢途径以及代谢产物等,不断进化以积累有利于在肠道环境中生存竞争的属性;另一方面,肠道微生物在宿主的营养、代谢和免疫等诸多生理功能上发挥重要作用,如调节肠道生理与稳态平衡、为宿主提供其无法合成的重要代谢物、促进免疫系统的发育与成熟、协助有毒物质降解和代谢等,进而影响宿主的环境适应性、健康状况、生殖能力乃至寿命长短。