药用资源分子系统学（molecular phylogeny of medicinal resources），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源分子系统学，利用分子系统学的理论和方法对药用动植物系统发育和亲缘关系进行研究的学科。主要应用于药用植物及生药的分子鉴定、新药源发掘、药用植物资源保护等方面的研究。药用资源分子系统学作为分子生药学的一个重要组成部分，就已有了系统深入的研究，代表性工作如栝楼属（Trichosanthes）分子系统学研究，获得了国家科技进步二等奖。药用资源分子系统学的主要研究领域包括利用分子系统学对药用植物进行鉴定和分类、新药源的发掘和寻找，以及药用植物保护等方面。基于分子系统学的中药分子鉴定是确保鉴定准确性的重要前提。使用包括以聚合酶链式反应、核脱氧核糖核酸（DNA）和叶绿体DNA序列为基础的分子标记，开展了当归属、石斛属等药用植物分子系统学研究，为药材鉴别和新药源发掘奠定了基础。