斑节对虾杆状病毒是病原A型杆状病毒，呈棒状，具有高电子密度中心，外有被膜。对虾肝胰腺和中肠上皮是MBV的主要靶器官。宿主细胞核内出现大量的致密颗粒，细胞核不胀大。随后，细胞核开始膨大，染色质浓缩成团块，并向核周围位移；核仁边移，且浓缩成高电子密度团块，有时碎裂成几个小块；核内出现病毒发生基质，并逐渐形成核内包涵体。多数情况下，可见核质中有1个到多个球形且嗜酸性(HE染色)包涵体和大量病毒粒子。包涵体为排列整齐的蛋白质晶格结构，由许多蛋白质亚单位组成。严重时细胞破裂，核内球形包涵体进入肝胰腺管，后进入中肠，排出体外。