生物大分子三维空间结构数据库是一类重要的生物信息学数据库。蛋白质结构数据库(ProteinData Bank，PDB)是1971年创建的国际上最著名、最完整的蛋白质三维结构数据库。另外还有蛋白质分类数据库SCOP和CATH。生物大分子三维空间结构数据库是一类重要的生物信息学数据库。蛋白质结构数据库(ProreinData Bank，PDB)是1971年创建的国际上最著名、最完整的蛋白质三维结构数据库。另外还有蛋白质分类数据库SCOP和CATH。SCOP是英国医学研究委员会分子生物学实验室和蛋白质工程中心开发的基于Web的蛋白质结构分类、检索和分析系统。CATH是另一个著名的蛋白质分类数据库，由英国伦敦大学开发和维护。