厦门市气象局设5个处室、4个直属单位、厦门市专业气象台、厦门市防雷中心、厦门市气象局后勤服务中心、2个区气象局。为农业生产、城市建设、重点工程建设、国防军事、大型社会活动提供气象服务。厦门市气象部门的管理体制和机构，随着整个经济、社会和气象工作任务的变化而不断发展和完善。目前，厦门市气象局设5个处室(办公室、业务科技处、计划财务处、人事教育处、政策法规处)、4个直属单位(厦门市气象台(厦门市海洋气象台)、厦门市专业气象台、厦门市防雷中心(厦门市避雷监测技术中心)、厦门市气象局后勤服务中心)、2个区气象局(同安区气象局、翔安区气象局(筹建中))。