云南省审计厅是省人民政府的组成部门之一，主管全省审计业务工作，实行省人民政府和审计署双重领导体制。厅机关内设财政审计处、金融审计处、行政事业审计处、社会保障审计处、经贸审计处、农业与资源环保审计处、固定资产投资审计处、外资运用审计处、领导干部任期经济责任审计办公室、经济审计处、社会管理审计处、行政执法审计处、建设交通审计处、农林水审计处、劳动人事民政审计处、外事民族宗教审计处等16个业务处室，办公室、人事教育处、监察室、机关党委办公室、老干部工作办公室、法制处，计算机技术中心、服务中心、内部审计协会等9个综合处室。