印尼孔教大致发展开始于1900年，1906年泗水修建了东南亚最大的"文庙"，1955年成立了全国性的孔教总会(MATAKIN)后，各地成立了分会，发展迅速，是印尼政府正式承认的六大宗教之一。到1972年统计有300万孔教信徒，占印尼华人的大半。由于1966年印尼前总统苏哈托军事政变上台后，采取了严厉的压制华人和强行同化的政策，一直延续35年之久。期间，华文教育被禁止，孔教也被实际取消。现在50岁以下的印尼华人几乎全不会华语，但孔教会一直坚持地下和家庭活动，虽然经受各种不可想象的困难，还是顽强地保留了下来。直到前几年瓦西德当上总统，才重新使孔教合法，06年正式重新公开活动，身份证上允许将孔教登记