除了大型抹香鲸类化石外，日本也发现了史前小抹香鲸科的化石。有关小抹香鲸科的化石所知甚少,于德国Baltringen发现了最早的小抹香鲸科中新抹香鲸Miokogiaelongates,中新抹香鲸Miokogiaelongates生存于中新世早期,具体资料不详。秘鲁中新世的皮斯科地层也发现了小抹香鲸科沙加小抹香鲸Scaphokogiacochlearis,沙加小抹香鲸Scaphokogiacochlearis有宽阔且不对称的颅骨,较圆的头骨盆及狭长的眶前裂。相对现存的小抹香鲸属,沙加小抹香鲸Scaphokogiacochlearis有较长的吻部,吻部且呈较钝及矩形的,沙加小抹香鲸Scaphokog