霍尔果斯海关成立于1950年6月5日(时称伊犁分关)，同年11月3日，遵照海关总署电令，伊犁分关改称霍尔果斯分霍尔果斯海关，下辖伊宁支关。1955年，经自治区党委和人民委员会批准，霍尔果斯分关划归自治区外贸局驻伊犁办事处领导。1970年至1973年，又一度划归伊犁州商业局领导。1975年7月，自治区革命委员会批准，将霍尔果斯分关收归自治区统一管理。翌年，经自治区革命委员会批准，霍尔果斯分关改为支关，隶属于伊宁分关。1985年2月，霍尔果斯支关更名为霍尔果斯海关;同年3月，经自治区人民政府批准，霍尔果斯海关为伊宁海关所属的科级海关。1986年9月，鉴于中苏贸易的发展，经海关总署批准，霍尔果斯海关