福州军分区的基础是福州市人民武装部，隶属于福建省军区，1983年1月改称福州军分区。1960年10月1日，以福州市人民武装部为基础，并抽调福建省军区直属队及守备第7、第13师部分人员，组建福州军分区，隶属于福建省军区。司令员宁正和，政治委员张传栋(市委书记兼)，第二政治委员贺梦先(1961年4月任职)，机关编制90人。1967年10月，根据"三支两军"任务的需要，省军区机关抽调部分人员临时组建福州警备区。1968年10月，将福州军分区撤销，合并到福州警备区内。1983年1月，福州警备区改称福州军分区。