航天员肠道微生态（astronaut intestinal microbial ecology），工学-航空宇航科学与技术-航天-〔航天员生命保障与航天医学〕-〔航天员生命保障〕-航天食品，航天微重力环境下航天员机体肠道微生物菌群组成结构及其与机体相互作用下的生态系统。研究航天特因环境下肠道微生物菌群结构变化对航天员健康的影响，以及预防和维持肠道微生态平衡的措施。航天员肠道微生态是航天员健康安全保障的重要内容。航天员肠道微生态在发射前即发生改变，双歧杆菌数量急剧下降。从太空返回地球时，航天员体内绝大部分共生菌群已损失，其中双歧杆菌和乳杆菌改变最大。所有参加航天飞行的航天员会出现微生态失调，主要表现为保护性微生物群的数量减少，直至消失。一些条件致病细菌在某些情况下其数量可能会暴增，从而引发一些自身感染性疾病。相关研究表明，长期太空飞行会导致肠道微生物厚壁菌增加，拟杆菌减少，微生物菌群结构发生较大改变。失重因素可导致消化道功能的改变，主要包括运动减少，分泌活动改变和黏膜的形态功能改变。消化液分泌的数量和性质影响结肠食物的组成，影响胃肠道微生物群的培养介质。