简并聚合酶链反应(degenerate PCR),理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-合成基因组学-模块,根据同源蛋白质的氨基酸序列扩增到同源基因的核苷酸序列的聚合酶链反应(PCR)方法。又称简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)。原理与一般PCR的不同之处在于,一般PCR中的引物是用给定的核苷酸序列设计两条特定的引物,而在简并PCR中用的是由多条不同核苷酸序列组成的混合引物库。其基本原理就是根据氨基酸序列设计两组带有一定简并性的引物库,从不同生物物种中扩增出未知核苷酸序列的基因。简并引物库是由一组引物构成的,这些引物有很多相同碱基,在序列的好几个位置也有很多不同的碱基,只有这样,才会和多种同源序列发生退火,以实现PCR扩增。DOP-PCR用一条部分随机的引物对模板基因组DNA进行两步PCR扩增。简并寡核苷酸引物的序列为5′-CCGACTCGAGNNNNNATGTGG-3′,3′端的ATGTGG序列是基因组DNA中分布频率极高的短序列,在第一步低温退火时起引导作用,也就是说扩增的起始位点由这6个特异的碱基决定,退火有一定序列倾向性。