林木全基因组测序（whole genome sequencing of forest trees），农学-林业-林木遗传育种-林业生物技术，对林木个体基因组的全部脱氧核糖核酸（DNA）进行序列测定的过程。包括核基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组的测定。2006年，美国《科学》杂志发表了第一个木本植物毛果杨的全基因组序列，标志着全基因组测序研究已由草本模式植物延伸到林木。截至2019年，桉树、杉树、毛竹、胡杨、簸箕柳、银杏、橡胶树、鹅掌楸等树种的全基因组序列陆续被测定和公布。毛果杨的全基因组测序是基于桑格测序技术，之后大部分林木物种的全基因组测序都基于高通量测序技术。这些技术利用“鸟枪法”策略（见鸟枪克隆法），将基因组片段化，并进行平行化测序，最终将测序结果组装成基因组片段。全基因组测序是基因组学研究的基础，为转录组学、蛋白质组学、表观基因组学等研究提供了参考序列。全基因组序列可用于全基因组关联分析，为林木生长、抗逆等性状决定基因的挖掘和林木遗传改良打下基础。林木全基因组测序推动了群体遗传学、生态基因组学和进化生物学等学科的发展。