微生物生物地理学（microbial biogeography），理学-生态学-微生物生态学-〔微生物种群与微生物群落〕-微生物生物地理，研究微生物的空间分布格局及其随时间变化规律的学科。1913年荷兰细菌学家M.W.贝杰林克[注]首次提出微生物可能无处不在的观点，1934年其同事L.G.M.巴斯贝肯[注]指出了环境选择对微生物的重要性。自此，微生物生物地理学作为一门学科逐渐受到重视。微生物生物地理学主要利用高通量测序、生物信息分析、多尺度分析、群落构建分析、共存网络分析、模型模拟等方法与技术研究微生物在空间和时间上的分布，其中不同尺度下微生物的空间分布特征与时间演替规律是主要研究内容。微生物的空间分布包括水平空间分布与垂直空间（沿海拔梯度）分布，研究范围涵盖了从微观水平、局域水平到景观、国家、洲际水平等不同的空间尺度。微生物在时间上的变化也属于微生物生物地理学的研究范畴，尺度跨度可以为小时、天、季节、年度、十年、百年等。微生物空间分布受当代环境条件和历史进化因素（指过去的环境条件）共同影响。