污染物亚细胞分布（subcellular distribution of pollutants），理学-生态学-〔生态毒理与污染生态学〕-污染生态学-〔生态毒理〕-污染生理效应，累积在生物体组织或细胞内各亚细胞结构中的污染物含量状况。污染物被生物体吸收后，通过重新分配最终进入各个组织的细胞内，并和细胞内的亚细胞结构（功能性组分）结合。污染物对生物体的毒性效应因其分布累积的亚细胞结构不同而有所不同。主要通过差速离心的方法从组织或者细胞提取液中得到各个亚细胞成分，测定污染物在这些成分中的含量，从而确定污染物的亚细胞分布。新发展的多种先进技术手段（如离子探针、同步辐射等），能够进行生物体内重金属元素的原位分析，从而测定重金属污染物在活体亚细胞中的分布。研究较多的是重金属在动植物体各个组织中的亚细胞分布，明确其毒性以及生物的解毒机理等。