最小等位基因频率(minor allele frequency,MAF),理学-统计学-生物、医药、卫生统计-临床试验的自适应性设计,在给定群体中第二最常见的等位基因的发生频率。最小等位基因频率为群体遗传学术语。二倍体生物个体的某一基因座上有两个等位基因A和a,从而有AA,Aa,aa三种基因型,在群体中A的频率为0.35,a的频率为0.65,则等位基因A的频率就是最小等位基因频率,其MAF为0.35。国际人类单体型图计划(the international HapMap project)即以人类DNA序列中MAF大于或等于0.05的单核苷酸多态性(SNP)为首要研究目标。由于其可提供群体中常见变异与罕见变异之间的差异化信息,MAF被广泛应用于群体遗传学研究中,特别是全基因组关联研究。