水生态系统多样性（ecological diversity of water ecosystem），工学-水利工程-〔水资源与水生态〕-【水生态】-水生态系统演化，在水生态系统中所表现出的生态多样化的特性。包括生境多样性、生物群落多样性和生态过程多样性。生境多样性是生物群落多样性的基本条件，生境主要是无机环境，如地形、地貌、气候及水文等。生物群落多样性主要是群落组成、结构和功能的多样性。生态过程是生态系统组成、结构和功能在时间、空间上的变化，主要包括物种流、能量流、水分循环、营养物质循环、生物间的竞争、捕食和寄生等。考虑到淡水生态系统在人类生产生活和生物多样性保护中的重要作用，本定义特指包括河流、湖泊、水库、溪流、湿地在内的淡水生态系统。