药用真菌工程菌（medicinal engineering fungi），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源生物工程-药用资源微生物工程，通过自然选择、诱变育种和杂交育种等传统手段，或利用原生质体融合技术、基因重组技术等现代生物技术构建的新型高效药用真菌。药用真菌工程菌需具备以下基本条件：①发酵产品是高浓度、高转化率和高产率的，同时本身是分泌型菌株；②菌株能利用常用碳源，并可以进行连续发酵；③菌株不能是致病株，也不产生内毒素；④代谢控制容易，能进行适当的DNA重组，并且稳定传代。为了提高药用真菌育种的有效性和目的性，研究人员越来越重视利用原生质体融合技术、基因重组技术等来构建新型的药用真菌发酵工程菌。原生质体融合又称细胞融合，该技术不受亲合因子的影响，可实现药用真菌的种内不同品种间、种间，以及属间细胞中的全基因组的有效混合，使遗传距离较大的远缘种间、属间杂交成为可能。但由于杂合子鉴定标准上存在技术难度而影响了该技术的广泛应用。另外，原生质体融合缺乏对所需基因的选择，因此，药用真菌基因工程育种的研究受到越来越多的关注，并且在理论和应用上均取得了较大进展。