微生物生态模型（microbial ecological model），理学-生态学-微生物生态学-〔微生物种群与微生物群落〕-微生物生物地理-微生物生态模型，揭示微生物物种间的相互关系以及微生物与其他生物和非生物因素之间关系的模型。由于自然生态系统复杂多样，在建立生态模型的过程中，必须对自然生态系统加以简化，得到比真实生态系统简单的生态模型。但是简化的生态模型必须能够准确说明真实生态系统中存在的问题，这也是生态模型建立中必须遵循的准则。微生物生态模型主要分为实验模型和数学模型。实验模型是通过对所研究的环境条件和生物群体进行限定，来简化微生物群落之间以及微生物群落与环境之间的相互作用，探讨微生物之间及微生物与环境之间的关联。最简单的实验模型是在一种灭菌的培养基中接种某一纯种微生物，如原位恒温培养实验模型、无菌动植物实验模型及太空实验模型等。在实验室中建立实验模型的优点在于容易认为控制环境因素（如温度、水分、营养浓度比等），对于实验系统中的生物群体也可以用人工的方法加以简化。数学模型是使用不同的数学方法（线性或微分方程）描述微生物群体间或者微生物群体与环境之间的相互关系。