代谢组学数据库（metabonomic database），医学-现代医学-药学领域-药理学与药代动力学-代谢组学-代谢组学数据分析-代谢组学数据库，包括代谢组学所研究的内源性小分子定性和定量信息，以及与上下游代谢、代谢通路相关的信息与数据。与基因组学、蛋白组学类似，代谢组学也是通过高通量分析获得大量数据，基于大数据进行研究的新兴学科。由于代谢组学研究对象是生物体内源性物质，而生命活动在不同类别生物中有很高的相似性和重叠性，在前人研究基础上积累数据、建立数据库，利用数据库对研究生命活动规律具有重要意义。代谢组学数据库包括两类：①包含生物样本中的内源性小分子化合物的数据库，主要包括内源性小分子的分子量、结构等基本理化性质、质谱谱图信息、核磁共振谱信息等，是代谢组学研究中进行化合物鉴定分析的重要参考数据库。例如，气相色谱质谱数据库-美国国家标准与技术研究所数据库（the US National Institute of Science and Technology database，NIST）、液相色谱质谱数据库METLIN、质谱数据库Wiley等。