生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster），医学-现代医学-药学领域-药物化学-微生物次级代谢产物化学-生物合成基因簇，基因簇指生物基因家族中的各成员紧密成簇排列成大串的重复单位，位于染色体的特殊区域。基因簇少则可以是由重复产生的两个相邻相关基因所组成，多则可以是几百个相同基因串联排列而成。它们属于同一个祖先的基因扩增产物，也有一些基因家族的成员在染色体上排列并不紧密，中间还含有一些无关序列，但总体是分布在染色体上相对集中的区域。除此之外，基因簇中也常常包括一些没有生物功能的假基因。一组紧密连锁的且功能上密切相关的结构基因多见于脉孢菌等真菌中。这些基因各自编码的酶能组成多酶复合物，能催化代谢中的特定反应。细菌同一操纵子中的几个结构基因也可称基因簇，但这些基因编码的酶并不组成复合体。一组基因可以呈簇进化或者通过染色体重排分散到新位点。有时根据生物中基因簇的存在可以推测发生过的一系列事件。这些事件是关于序列的而不是功能，所以除活性基因以外还包括假基因。一个串联基因簇含有一个重复单位的许多拷贝，包括可转录序列和非转录间隔区。