基因特异性检测（gene-specific detection），农学-植物保护学-农业转基因生物安全学-农业转基因生物风险检测-溯源，以转基因生物的外源目的基因的特异性DNA片段作为检测靶标的检测方法。基因特异性检测方法可用于检测cry1Ac基因、cry1Ab基因、cry2Ab基因、bar基因、CpTI基因、CP4-EPSPS基因、barnase基因、barstar基因等外源基因，主要采用定性聚合酶链式反应（PCR）、实时荧光PCR等技术。已经建立的多种外源目的基因的特异性PCR检测方法，在转基因成分的定性和定量检测中应用较广，但由于同一外源目的基因时常被转入相同或不同的植物，从而获得含有相同基因、具有相同性状的不同转基因生物转化体，以外源目的基因为检测靶标的基因特异性检测方法不能有效区分这些转化体，在转基因身份鉴定时只能做辅助判断。