林木蛋白质组学（forest tree proteomics），农学-林业-林木遗传育种-林业生物技术-林木蛋白质组学，大规模研究林木蛋白质的学科。蛋白质组是生物体内经过合成和修饰形成的所有蛋白质。蛋白质组学在整体水平上研究蛋白质的组成、结构和活性，是功能基因组学的重要组成部分。由于信使核糖核酸（mRNA）翻译效率存在差异，并且蛋白质翻译后会经过磷酸化、糖基化、泛素化等多种修饰，所以蛋白质组在不同细胞间或者同一细胞的不同时期会存在差异，增加了蛋白质组学研究内容的复杂程度。林木蛋白质组学研究主要涉及蛋白质的分离和质谱鉴定，研究的树种主要包括松树、杉树、杨树、桉树、榉树等。林木基因组信息的日趋完备，提高了林木蛋白质组学数据分析的准确性。