系统发育网络（phylogenetic network），理学-系统科学-系统交叉学科-自然系统科学-[生物系统]，用来描述被认为具有共同祖先物种、基因组等生物学研究对象间进化关系的网状结构图。随着人类对物种间进化关系认识的不断深入，对不同物种间的进化关系的描述手段也经历了由简单到复杂的演变过程。在现代科学产生之前，无论是东方还是西方，对芸芸众生间的关系都存在一种线状等级或者阶梯形的想法。比较形象的就是在中国各种神话传说中，世间万物甚至包括非生物的石头，经历机缘巧合，吸收日月精华，努力变成人形，进一步包括人类在内的众生潜心修炼成仙。随着自然选择为基础的现代进化理论的产生和完善，人类认识到各种生物的共同祖先产生的各种变异，有的由于不适应环境而被淘汰，有的由于适应环境而在自然选择过程中被保留。物种彼此间没有优劣之分。一个物种的不同群体分别适应各自环境而产生巨大差异之后，就形成了不同的种。不同物种也就是适应不同环境的变异体。现存物种之间不存在一个种要努力进化成另一个种的现象。基于这种观念，描述物种间进化关系的恰当方式就是系统发育树（phylogenetic tree）。