法医微生物学（forensic microbiology），医学-现代医学-综合领域-法医学-法医微生物学，通过微生物表型、免疫学、分子生物学和分析化学等各种分析手段检测相近微生物菌株间的可能变异，并用来推测特定微生物来源、亲缘关系或传播途径的一门学科。又称微生物法医学[注]。主要应用于生物恐怖袭击与生物犯罪案件，为该类案件的侦查提供依据，审判提供证据。研究任务主要是生物反恐；研究内容主要包括对微生物的鉴别、来源鉴定和追踪、确定犯罪分子的技术手段。微生物的鉴别是通过形态学、血清学、生物学和遗传学等特征快速地从标本中确定是否存在生物恐怖病原体，并对其特征做进一步鉴定，明确其分类地位、药物敏感性和毒力等特征，为免疫预测及治疗提供依据。微生物的来源鉴定是指当某种具有严重危害后果的微生物感染疾病发生时，对微生物的来源进行追踪，以明确这种感染是自然发生还是人为犯罪。生物恐怖袭击和生物犯罪的问题，可以追溯到第一次、第二次世界大战时期日本、德国、美国等军队制造的生物武器。这是一种故意传播可以导致人或动物患病或死亡的微生物，引起社会恐慌或者威胁社会安全的行为。