数据处理软件（metabolomic data processing software），医学-现代医学-药学领域-药理学与药代动力学-代谢组学-代谢组学数据分析-数据处理软件，采用适当仪器测定代谢组学样品后，对样品中所测定的小分子物质进行定性鉴定、定量分析数据处理软件，以及进一步对代谢组学半定量矩阵数据进行分析的软件。这些数据处理软件可能只适用于某种特定型号的仪器，也可能适用多种仪器、多种数据及组合数据分析。代谢组学数据概念的范围较广，数据处理软件概念的范围较为宽泛，包括仪器信号数据转换、信号提取、化合物鉴定、多变数数据处理和分析等多方面。另外，代谢组学数据来源不一，数据处理软件与使用的仪器有关，采用不同的代谢组学分析平台/技术，如核磁共振（NMR）、质谱法（MS）、红外光谱（FT-IR）及其与色谱联用等，其仪器信号类型、采集方式、信号特点等都有差别，因此，所使用的数据处理软件也有所差异。一般来说，代谢组学数据处理主要包括以下几个方面：原始数据的处理、数据和信息的管理、统计分析、数据标准化、代谢物及路径识别、数据集成和代谢网络的数学模拟等。