微生物杀菌剂（microbial fungicide），农学-植物保护学-农药学-〔农药分类〕-杀菌剂，利用微生物或其代谢产物来防治危害农作物的病害及促进作物生长的药剂。主要包括农用抗生素等代谢产物和活体微生物杀菌剂。井冈霉素、宁南霉素是前者的代表，枯草芽孢杆菌是活体微生物杀菌剂的典型产品。枯草芽孢杆菌（Bs）能稳定地在土壤和植物表面定殖，产生抗生素、分泌刺激植物生长的激素，并能诱导寄主产生抗病性，是一种理想的活体微生物杀菌剂，已在生产中大量使用。例如，美国亚拉巴马州用Bs处理多种作物种子，平均产量增加9%，根病明显减轻；日本用Bs及其分泌物防治番茄立枯病获得良好防效；北京大学和河南省农业科学院报告Bs对小麦赤霉病、西瓜枯萎病、烟草青枯病、棉花枯萎病等多种病害有良好的田间防治效果，并有明显的增产效应。与传统化学农药相比，微生物农药的防治效果较低一直是被人诟病的问题，但生物防治手段具有持久效应。微生物农药是通过生物间的相互作用来控制植物病害发生、为害的，微生物农药的效果不可能像化学农药那么快速、有效，但它们的防效是持久的、稳定的。