分子设计育种（molecular breeding by design），农学-园艺学-果树学-果树育种-〔果树生物技术育种〕，以生物信息学为平台，以基因组学和蛋白组学等数据库为基础，综合育种学流程中的遗传、生理、生化、栽培、生态、生物统计等学科的有用信息，根据育种目标和生长环境在计算机上设计出最佳方案，然后在田间开展作物育种试验的育种方法。分子设计育种分三步进行：①研究目标性状基因以及基因间的相互关系，即找基因（或生产品种的原材料）。这一步骤包括构建遗传群体、筛选多态性标记、构建遗传连锁图谱、进行数量性状的表型鉴定和遗传分析等内容，以期获得控制目标性状的主（有）效基因。②根据不同生态环境条件下的育种目标来设计目标基因型，即找目标（或设计品种原型）。这一步骤利用已经鉴定出的各种重要育种性状的基因信息，包括基因在染色体上的位置、遗传效应、基因到性状的生化网络和表达途径、基因之间的互作、基因与遗传背景和环境之间的互作等，模拟预测各种可能出现的基因型及表现型，从中选择并确定符合特定育种目标的基因型。