水生态功能区（aquatic ecological-functional-zone），理学-生态学-〔景观与区域生态学〕-流域生态学-〔流域生态学基本概念〕-流域水生态功能分区-水生态功能区，进行水生态功能分区的基本单元。基于水生态功能分区的目的，依据空间尺度性原则、主导因子原则、空间一致性原则、空间连续性原则、自然与社会经济协调性原则、水-陆耦合一致性原则，综合考虑流域陆地生态系统与水生态系统之间的耦合作用关系，以及生态环境要素对水生态功能的影响，将流域划分出不同的均质空间单元。分区目的是揭示不同区域水生生物空间分布格局，确定流域水生态系统保护目标，明确流域陆地生态系统保护类型及区域重要性，为流域水生态系统保护与修复提供科学依据。水生态功能区在坚持水资源的保护和可持续性利用的前提下，充分考虑了水生态区和水功能区的特点，基于人-地耦合的系统思路进行流域整体分区。水生态功能区的特点包括遵循生态系统等级结构、整合区域划分与类型划分、保持流域结构的完整性、以及强调人类需求和生态系统保护的统一性等。