谱系地理结构（phylogeographic structure），理学-生态学-〔分子与进化生态学〕-分子生态学-生物地理学-历史生物地理学-谱系地理学-谱系地理结构，在生物进化过程中，由于地质历史事件、气候等因素造成一个物种（或一组近缘物种）的谱系分支呈现出特定的、亲缘关系相近种群和个体聚集的地理分布格局。检验一个物种的种群中是否存在谱系地理学结构的一种方法是基于每个种群的单倍型组成、不同单倍型在每个种群的数目和单倍型序列变异位点，分别计算两个衡量种群遗传分化程度的指数，即种群单倍型频率差异分化系数（）和种群单倍型差异分化系数（）。其中，在计算过程中只考虑单倍型频率，而同时还考虑了单倍型之间的差异。计算出上述两个指数的值之后，使用统计检验对它们进行比较，得出两个指数之间的大小关系和相对应的置信区间值。若值显著高于值，通常表明该物种的种群中存在明显的谱系地理结构；若值与值相当，或者值显著小于值，则表明该物种的种群中不存在谱系地理结构。