水产宏基因组(aquaculture metagenome),农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-[水产育种生物技术]-水产分子育种-水产宏基因组,水产相关环境全部微生物所具有的所有遗传信息的总和。又称水产环境微生物基因组、水产元基因组等。围绕水产宏基因组的研究主要有:①用海量平行测序技术测定16S rRNA基因序列,描述细菌多样性、群体结构和群体功能,或测定特定功能基因(如硝化反硝化基因等)解析环境细菌群体功能。②绕开分离培养,测定和组装环境细菌全基因组序列。③测定全部细菌的基因,推测环境生化和代谢通路,探索环境生态学功能。水产宏基因发展趋势有:①基于18S rRNA基因序列描述环境浮游动植物多样性。②将蛋白质组学、转录组学、代谢物组学等组学技术引物宏基因组学研究。③基于单细胞的各种组学分析弱化“无法培养”界限。④以获取基因、酶、生物活性物质等资源为目的的宏基因组学研究。