水产分子育种（molecular breeding in aquatic animal），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-[水产育种生物技术]-水产分子育种，采用分子生物学和基因组技术，结合传统表型选择以及数量遗传学技术，对水产养殖生物进行遗传改良或进行人工选择，培育新品种的育种技术。水产分子育种技术强调的是对水产生物的遗传结构进行改良，或者是基于分子标记的差异或基因组序列多态性对水产生物进行选择，从而获得表型性状优良的个体。这里的分子生物学技术主要包括基因工程技术、分子标记技术、基因组选择技术及基因组编辑技术；数量遗传学技术主要指贝叶斯（BAYES）和基因组最佳线性无偏预测（GBLUP）等遗传参数评估技术。按照所采用技术的不同，水产分子育种技术又可分为转基因育种、分子/基因标记辅助育种、全基因组选择育种和基因组编辑育种四大类。