沉积物微生物（sediment microbe），理学-生态学-微生物生态学-微生物生态类群-沉积微生物，生活于水体中沉降的各种颗粒物中的微生物。由于沉积物营养物质丰富、腐殖酸含量较高，且环境异质性较高，沉积物微生物的生物量和丰度远远高于相应的水体。沉积物微生物受深度的影响较大：表层沉积物微生物易受到风浪、潮汐等的扰动，群落结构不稳定；而沉积物深度越深，溶解氧越少，厌氧微生物占沉积物微生物的比例越大。沉积物微尺度环境变化较大，因此沉积物中微生物群落的微尺度变化也较大。此外，底栖动物扰动以及水生植物根际形成的局部微环境对于沉积物微生物丰度和群落结构的影响也较为明显。作为水生生态系统物质循环的主要驱动者，沉积物微生物在水-沉积物的物质循环中发挥着重要作用，而沉积物微生物的多样性对整个水生生态系统也具有重要影响。