胃肠道微生物（gastrointestinal microbes），理学-生态学-微生物生态学-〔微生物与动植物、人类关系〕-胃肠道微生物，定植于人体胃肠道表面的细菌、古菌、真菌、原生动物和病毒等微生物的集合。细菌是胃肠道中的优势微生物类群。胃肠道微生物从营养物质的消化吸收、能量供应、免疫调节等多方面影响宿主的健康。由于胃肠道微生物对宿主的生理调节以及机体与器官发育过程非常关键，许多研究者将人体胃肠道微生物区系看作是人体的一个“功能器官”。由于与宿主的健康和疾病发生发展过程密切相关，胃肠道微生物研究已成为当今的前沿热点领域，并且从单纯的微生物群落结构研究逐步过渡到功能研究。随着分子生物学和测序技术的发展，结合多种组学技术（包括宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组、代谢组学），人们对胃肠道微生物的研究不断深入。