基因组选择（genomic selection），农学-畜牧学-[动物遗传育种]-动物育种-基因型值，利用覆盖全基因组的标记进行个体遗传评估，并据此选择种用个体的方法。基因组选择于2001年被提出，可以看成是标记辅助选择的扩展，二者都是利用标记的信息进行辅助选择，但有两个重要区别：①标记辅助选择仅利用少量的标记，而基因组选择是用覆盖全基因组的标记；②标记辅助选择要求所利用的标记反映主效基因的信息，而基因组选择无须了解任何基因的信息。基因组选择的基本思想包括：当标记覆盖了整个基因组且密度足够大，可以认为任何影响性状的基因（或功能多态位点）都至少跟一个标记紧密连锁，处于很强的连锁不平衡状态，因而可以通过标记捕获所有基因的信息。尽管对这些基因没有任何了解，但可以通过估计所有标记的效应，间接地估计所有基因的效应。将所有标记效应估计值累加定义为估计基因组育种值[注]（GEBV），用GEBV代替常规的估计育种值（EBV）进行选择。为估计标记效应，需先建立一个足够大的参考群体[注]，在该群体中测定每个个体的性状表型值和所有标记的基因型，利用这些信息估计标记效应。