微生物能源（microbial energy），理学-生态学-微生物生态学-微生物生态工程-微生物能源，由微生物代谢产生的，可以作为能源使用的有机物或无机物。微生物能源包括微生物柴油、燃料乙醇、氢气、沼气和生物燃料电池。微生物能源的特点是清洁、可再生，有利于环境保护。生物柴油是油脂经过酯交换反应形成的脂肪酸甲酯或者脂肪酸乙酯的脂肪酸单酯混合物。微生物油脂又称单细胞油脂，是酵母、霉菌、细菌和藻类等产油微生物菌体内大量积累的油脂。这些油脂经过提取和酯交换反应，可以形成微生物柴油。生物柴油可以按比例与汽油混合，或者直接使用。由于其性质和汽油相似，可以在机械上作为能源代替汽油、柴油使用，而机械设备无须改造。乙醇是以糖类原料为碳源，在酵母等微生物作用下，经过厌氧代谢形成的化合物。含有乙醇的微生物发酵混合物经过蒸馏获得乙醇，乙醇经过脱水后形成无水乙醇，添加部分添加剂后可以作为燃料乙醇。氢气是清洁能源，燃烧后形成水，无污染，热值相对较高。产氢微生物利用阳光、水或有机废水、秸秆等，经过代谢产生氢气，可分为蓝细菌和绿藻制氢、光合细菌制氢和细菌发酵制氢。