母源基因组（maternal genome），农学-畜牧学-动物繁殖-生殖激素-排卵控制，在卵子发生过程中表达，并将其产物（信使RNA或蛋白质）储存在卵母细胞中的基因。母源基因组包括进行基本生命活动所必需的持家基因，同时也包括一些编码指导胚胎发育模式的信号分子的基因。后者编码的基因往往是一些转录因子、受体或翻译调节蛋白，在早期胚胎形成中起着关键作用，称为母体效应基因。哺乳动物的雌雄配子对于起始胚胎发育所承担的责任有所不同，在卵母细胞成熟和附植前早期胚胎的发育过程中，精子胞质中微管组织中心前体和精子胞质中储存的各种成分对早期胚胎的分裂发育并没起到主要作用，早期胚胎几乎完全是依赖于卵母细胞胞质中储存的亚细胞器和生物大分子等母源复合物来度过早期的卵裂直到胚胎基因组的稳定激活，而这些卵母细胞胞质中储存的各种母源复合物就是由母源基因编码的。母源基因在许多发育的过程中都起着调节作用，如表观重编程、母源性信使RNA和蛋白降解、雌雄原核的融合、染色质重塑、合子和胚胎基因组激活、基因印记以及早期细胞的分化等。