合子基因组（zygotic genome），农学-畜牧学-动物繁殖-生殖激素-排卵控制，受精卵的基因组。胚胎的发育是由精子与卵子通过受精结合形成的受精卵开始的，在人体内，卵子在受精后的2周内称为受精卵，受精后的第3～8周称为胚胎。在胚胎发育的起始阶段，胚胎中基因组转录是静止的，胚胎发育完全由母源提供的RNA和蛋白质来完成。随着受精卵分裂到一定时期后（如小鼠在二细胞晚期等），母源积累的RNA逐渐降解，基因组迅速激活并完成，最终完成从母源转录组向合子转录组的转变。合子基因组激活[注]（ZGA，见图）是受精卵获得全能性的必要条件之一，大量胚胎早期基因的表达和修饰都发生在这一时期，通常经历两个阶段，即初级ZGA与主要ZGA。在小鼠早期胚胎发育过程中，初级ZGA起始于一细胞中晚期，主要转录一小部分基因和一些重复序列；主要ZGA则发生在二细胞晚期，表征为大量基因的正常激活。合子基因的表达是胚胎模式形成的开端。