在联会(synapsis)的DNA分子具相同极性的核苷酸链的对应位置，出现裂缝，从该处向一个方向DNA链解开，产生的单链DNA交叉互换，进行互补配对，形成异源双链，然后裂缝连结，使具有交叉结构的重组中间体稳定化。此结构称为半染色单体交叉(half-chromatid chias-ma)，或霍利迪结构(Holliday structure)等。在减数分裂时产生的这些染色单体的异源双链部分有遗传标记，如果矫正误配是在双方的染色单体上进行，则显示3∶1(或6∶2)的分离比;如果只是在一方进行，在以后的体细胞分裂中分离，将显示5∶3的分离比。