思维科学方法论是有关思维科学研究方法的理论。有时也指思维的规律和方法。由于思维科学的研究极其广泛，决定了其研究方法的复杂性。通常的研究方法有：通过对大脑的研究，认识思维的机制；通过工具等思维产品的创造过程，研究思维的过程及其历史发展；通过语言研究透视思维的内在规律；通过人工智能对思维的模拟，研究思维的模式；通过历史和逻辑相一致的方法，以及系统方法和综合方法，研究思维的特点和规律。由于思维科学涵括抽象思维，形象思维和灵感思维等分支，在不同的领域就有不同的思维方式。抽象思维的方法主要由形式逻辑和辩证逻辑所概括，后又增加了现象学方法、符号学方法、公理化方法等。形象思维突出思维过程中相似方法的特点和作用，灵感思维突出的则是直觉方法的特点和作用。随着思维科学的发展，思维科学方法论越来越受到重视，成为深化认识论研究的重要方面。