哈瓦那医科大学隶属于古巴卫生部，1728年始建为教会学校，为哈瓦那大学的医学院。学校的医学课程主要分布四个方面：生理学、病理学、解剖学和治疗学，研究课程按西方医学的分类进行。直到1976年，哈瓦那医科大学从哈瓦那大学中分离出来，独立成校，专门从事医疗领域的本科生和研究生培养。 哈瓦那医学教学历史的开始可追溯到古巴第一所大学的建立，1726年1月12日，哈瓦那皇家圣耶罗尼莫教皇大学成立，建校之初共有五所学院：医学院，神学院，圣训学院，法律学院和艺术学院。其中医学课程被分为四个部分：生理学、病理学、解剖学和治疗学，所有课程内容都参照拉丁文课本和一些经典医学著作，诸如阿维森纳医典、希波克拉底格言等。直到1790年，在托马斯·罗迈医生、何塞·奥古斯丁神父和卡巴列罗等人以及古巴爱国主义协会的共同努力下，医学院的课程中引进了新的学科，譬如植物学、实践解剖学和临床医学。并且陆续开展临床治疗、妇产科和外科学科的实践和实习活动。