半知菌亚门的真菌一般称作半知菌，是尚未发现有性阶段的真菌，或根本不形成有性阶段的真菌。它在自然界中分布广，种类多，已知有1825属，17000种，在数量上仅次于子囊菌亚门。半知菌中多为腐生的，也有不少是寄生的，其中许多种寄生在植物或动物体上植物病害的病原真菌，约有半数左右属于半知菌。半知菌的营养体一般是很发达的，有隔膜的菌丝体，从菌丝体上形成分化程度不同的分生孢子梗，并产生分生孢子。半知菌类分生饱子梗和分生孢子的形态差别很大。分生孢子梗着生的方式有散生，聚生成束丝或分生孢子座等。束丝是一束排列较紧密的，直立的分生孢子梗，顶端或侧面分生孢子;分生孢子座是由许多聚集成垫状的，很短的分生孢子粳骖成，顶端产生分生孢子;分生孢子盘是垫状或浅盘状，由菌丝体形成的，类似子座的机构，上面有成排的、短的分生孢子桠，顶端产生分生孢子，有时，孢子盘四周或中间有深褐色的刚毛;分生孢子器是球状、拟球状、瓶状或不规则状，由菌丝体形成的，类似子座的机构。分生孢子器生在基质的表面，部分或整个埋在基质内;有的分生孢子器生在子座内。若由子座组织形成的孢子器，器壁就不存在，分生孢子梗直接产生在子座腔内。