干草小多孢菌基丝直径约0.5—0.8微米，有分枝，在琼脂上形成密致菌落。甚至在琼脂表面下也有单个孢子和孢子短链，偶尔可见菌丝间的厚垣孢子。气丝直径约1微米。侧生孢子链短，约5个孢子；顶端孢子链较长，约5— 10个孢子。孢子链总为直形或弯曲。孢子浑圆至卵圆，长 0.7—1.3微米，表面光滑。甘油葡萄糖琼脂：无气丝。基丝乳脂浅淡橙黄色，有短孢子链。无机盐淀粉琼脂：无气丝。基丝很薄，无色。甘油 L-谷氨酸L-精氨酸无机盐合成琼脂：无气丝。基丝橙黄色或无色至淡黄色，随株而异。无可溶色素。营养琼脂：气丝微白至蛎白色，有5—7个孢子的短链。基丝淡橙黄色至乳脂色，有单个孢子和短孢子链。无可溶色素。酵母精琼脂：气丝在边缘，有孢子。基丝好，浅橙褐色。无可溶色素。燕麦粉琼脂：基丝少，无色带3—5个孢子的短链。葡糖酵母琼脂：无气丝。基丝丰茂，淡橙褐色，带孢子链。无可溶色素。马铃薯葡糖琼脂：气丝成斑片，微白色带 2—5—8个孢子的链。基丝淡褐色，有孢子。无可溶色素。纤维素琼脂上不生长。不产类黑色素和H2S。生长适温约为45—51℃。在葡糖营养琼脂上32.5℃和34.2℃以及 56.7℃和59℃生长贫乏。