平衡致死系统也称永久杂种，在平衡致死系统中，一对同源染色体的两个成员分别带有一个座位不同的隐性致死基因，这两个致死基因始终处在个别的染色体上，从而以杂合状态保存不发生分离。平衡致死系统利用倒位的交换抑制效应，可以保存带有致死基因的品系。带有致死基因的品系本来是不容易保存的。一般品系都以纯合品系的形式保存下来，因为纯合品系是真实遗传的。例如果蝇的白眼品系，在实验室牛奶瓶中，每只雌体都是w/w，每只雄体都是w/Y；每产生一代新个体时，几乎不需要加以逐只观察，可以完全移入新的饲养瓶。但致死基因就不是这样，它不能以纯合状态保存，因为纯合个体是致死的；所以只有以杂合状态保存。