真菌分类系统，人类认识和利用真菌的历史在西方已有3500年以上，我国已有6000年之久。真菌分类学的产生和发展却是在近200年左右。1729年，米凯利（Micheli）首次用显微镜观察研究真菌，提出了真菌分类检索表。1735年，林奈在《自然系统》等书中将真菌分为10属。以上工作即为真菌分类研究的起点，当时设置的一些属名至今仍沿用。1772年，林奈“双名法”的采用，对真菌分类学的发展起了巨大的推动作用。在很长一段时间里，依据林奈最早提出的两界说，真菌一直被列入植物界。现代分类学家已趋向于将真菌划分成一个单独的界——真菌界（KingdomFungi），在界下设真菌门和粘菌门。