进化系统学派（Simpson 1961； Mayr 1969）是20世纪三、四十年代在综合进化理论，即新达尔文主义基础上发展起来的系统学派。该学派认为生物的多样化以及种和种上生物单元的起源可以由遗传机制及自然选择而得到解释；判别系统发育关系的标准是基因型相似性，在实际研究中基因型的相似性可以通过特征的后验加权从表型上来予以判断；分类系统与系统发育之间并不要求存在一一对应关系，生物的分类系统不仅应表现生物的谱系关系，也应表现生物的进化阶段和进化水平，如生态适应性、进化速率、形态距离等。进化系统学派的主要缺点是没有明确的、行之有效的工作方法和程序，对于系统发育关系的判断及分类系统的建立常常依赖研究者个人的经验及特征加权，研究结果难以检验。